動画が完成したらエンコードをします。
方法はいくつかありますが、私の場合はAviUtlの拡張x264出力でmp4ファイルを出力します。または、AVI出力後、つんでれんこでニコニコ動画用に出力します。後者の方法では数十GBの動画が出力されるのでご注意ください。
エンコード拡張x264出力の場合、「ニコ動 プレミアム 実写 高画質」を選択しています。最初はプリセット通りにエンコードしてみましょう。エンコードの方法によって画質にかなりの差が出る為、動画編集になれてきたら高画質を目指して自分に合ったエンコード方法を試すと良いでしょう。